一群早期的日本基督徒因被视为对日本社会的威胁而被日本新政府杀害。

日本二十六烈士（日文：赫本：Nihon Nijroku Seijin）是一群天主教徒，他们于 1597 年 2 月 5 日在日本长崎被钉死在十字架上。他们的殉教在日本天主教的历史上尤为重要。

到 16 世纪末，日本天主教传教事业的开端充满希望，天主教徒人数可能多达 300,000，但由于传教团体之间的竞争、葡萄牙和西班牙之间的政治困难以及日本政府内部的派系，这些都遇到了复杂情况。基督教被镇压，正是在这段时间里，26名烈士被处决。到 1630 年，天主教已被驱入地下。当基督教传教士在 250 年后返回日本时，他们发现了一个在地下幸存下来的“隐藏的天主教徒”社区。

Kakure Kirishitan（日文：隠れキリシタン，lit. '“隐藏的基督徒”'）是日本天主教会成员的现代术语，在 17 世纪初期的江户时代初期，由于基督教的镇压而转入地下。德川幕府。