Après trois ans d'exil, Jean Calvin revient à Genève pour réformer l'Église sous un corps de doctrine connu sous le nom de calvinisme.
Jean Calvin (; moyen français : Jean Cauvin ;
Français : Jean Calvin [ʒɑ̃ kalvɛ̃] ; 10 juillet 1509 - 27 mai 1564) était un théologien, pasteur et réformateur français à Genève pendant la Réforme protestante. Il était une figure principale dans le développement du système de théologie chrétienne appelé plus tard calvinisme, y compris ses doctrines de la prédestination et de la souveraineté absolue de Dieu dans le salut de l'âme humaine de la mort et de la damnation éternelle. Les doctrines calvinistes ont été influencées et élaborées par les traditions augustiniennes et autres traditions chrétiennes. Diverses églises congrégationalistes, réformées et presbytériennes, qui considèrent Calvin comme le principal exposant de leurs croyances, se sont répandues à travers le monde.
Calvin était un polémiste infatigable et un écrivain apologétique qui a suscité de nombreuses controverses. Il a également échangé des lettres cordiales et de soutien avec de nombreux réformateurs, dont Philipp Melanchthon et Heinrich Bullinger. En plus de ses instituts fondateurs de la religion chrétienne, Calvin a écrit des commentaires sur la plupart des livres de la Bible, des documents confessionnels et divers autres traités théologiques.
Calvin a été formé à l'origine comme avocat humaniste. Il a rompu avec l'Église catholique romaine vers 1530. Après que des tensions religieuses ont éclaté dans une violence meurtrière généralisée contre les chrétiens protestants en France, Calvin s'est enfui à Bâle, en Suisse, où en 1536 il a publié la première édition des Instituts. Cette même année, Calvin est recruté par le Français William Farel pour rejoindre la Réforme à Genève, où il prêche régulièrement des sermons tout au long de la semaine. Cependant, le conseil d'administration de la ville a résisté à la mise en œuvre de leurs idées et les deux hommes ont été expulsés. À l'invitation de Martin Bucer, Calvin se rendit à Strasbourg, où il devint ministre d'une église de réfugiés français. Il continua à soutenir le mouvement réformateur à Genève et, en 1541, il fut invité à nouveau à diriger l'église de la ville.
Après son retour, Calvin a introduit de nouvelles formes de gouvernement ecclésiastique et de liturgie, malgré l'opposition de plusieurs familles puissantes de la ville qui ont tenté de freiner son autorité. Au cours de cette période, Michel Servet, un Espagnol considéré à la fois par les catholiques romains et les protestants comme ayant une vision hérétique de la Trinité, est arrivé à Genève. Il fut dénoncé par Calvin et brûlé sur le bûcher pour hérésie par le conseil municipal. Suite à un afflux de réfugiés favorables et à de nouvelles élections au conseil municipal, les opposants de Calvin ont été expulsés. Calvin a passé ses dernières années à promouvoir la Réforme à Genève et dans toute l'Europe.